BIOTECH / PUBLIC DATA

Make your analysis possible to repeat.同じ分析を、もう一度できる記録へ。

Capture which data you used, what you changed, and what another analyst needs. Find missing details before they become a broken handoff.使ったデータ、加えた処理、次の分析者に必要な情報を整理します。引き継ぎで困る前に、記録の抜けを確認できます。

01 / CAPTURE

The data and the methodデータと分析方法を記録する

Dataset name and unit of observationデータセット名・1 行が表す単位

Version, retrieval date, and exact filename版・取得日・正確なファイル名

Reuse terms and where you checked them再利用条件・確認した場所

Accession, DOI, or persistent record URLアクセッション番号・DOI・永続的な記録 URL

SHA-256 of the exact downloaded file取得したファイルの SHA-256

Hash the original bytes. An archive and its extracted file have different hashes. This field checks format, not source authenticity.元のファイルのバイト列を対象にします。圧縮ファイルと展開後のファイルでは値が異なります。この欄で確認するのは形式であり、配布元の真正性ではありません。

Calculate a hash locally — optional, up to 20 MB手元のファイルで計算（任意・20 MB まで）

Choose only a public data file. Its contents are not uploaded.公開データのファイルを選んでください。内容はアップロードされません。

Missingness: count, denominator, and handling欠損：件数・分母・処理方法

Method, parameters, software versions, and output方法・パラメータ・ソフトウェアの版・出力

Use public metadata only. Entries are processed in this page and are not saved when you leave; download your record to keep it.公開メタデータだけを入力してください。ページを離れると入力は保存されません。残す場合は記録をダウンロードしてください。

02 / HAND OFF

A record another analyst can use次の分析者に渡せる記録

Editable reproducibility record編集できる再現性記録

WORKED EXAMPLE / SYNTHETIC

One missing value, two very different denominators欠損が 1 つでも、分母で見え方は変わる。

The included toy CSV has six rows, two groups, and three measurement columns. One value is missing: 1 of 18 measurement cells (5.56%). Removing its entire row excludes 1 of 6 observations (16.67%) and changes the group sizes from 3 / 3 to 3 / 2. “5.56% missing” alone hides that change.付属の練習用 CSV は 6 行、2 群、3 つの測定列です。欠損は測定値 18 個中 1 個（5.56%）。その行を丸ごと除くと、観測 6 件中 1 件（16.67%）が除外され、群の件数は 3 / 3 から 3 / 2 に変わります。「欠損率 5.56%」だけでは、この変化は伝わりません。

1 / 18

Missing measurement cells欠損した測定値

Use this denominator to describe the raw measurement matrix.元の測定行列の欠損状況を表す分母です。

1 / 6

Rows removed by the example rule例のルールで除外される行

Use this denominator to explain how the analysis population changed.分析対象がどう変わったかを表す分母です。

The example computes simple group means after that exclusion: A = 6 / 10 / 4 and B = 11 / 15 / 9 for features A / B / C. This makes a small replay check possible. It does not justify the exclusion rule for real data; that choice depends on the study and why values are missing.例ではその除外後に単純な群平均を計算します。特徴 A / B / C の順に、A 群は 6 / 10 / 4、B 群は 11 / 15 / 9。再実行時の小さな確認値として使えます。ただし、実データで同じ除外が妥当とは限りません。研究設計と欠損の理由に応じて判断します。

BSV-created arbitrary numbers, not biological observations. No real participant, study accession, or experimental finding is represented. You may reuse this toy CSV under CC0 1.0.BSV が作成した任意の数値で、生物学的観測ではありません。実在の参加者・研究番号・実験結果を表しません。この練習用 CSV は CC0 1.0 で再利用できます。

READ THE RECORD CRITICALLY

A complete form is the start of reproducibility.記入完了は、再現性を確かめる出発点。

Identifier ≠ frozen file識別子と固定ファイルは別

A study accession locates a record, but a study can contain many files and samples. Record the exact file, release or retrieval date, and hash together. Preserve raw inputs separately from transformed outputs.研究番号は記録への入口ですが、1 つの研究に多数のファイルや試料が含まれます。正確なファイル名、版または取得日、ハッシュを組み合わせて記録し、元データと加工後の出力は分けて保管します。

Readable ≠ reusable閲覧できることと再利用条件は別

Copy the dataset-specific terms and their source into the record. If terms or access conditions are unresolved, mark them explicitly before passing the data onward. A repository name alone is not a record of those conditions.データセットごとの条件と確認元を記録します。条件やアクセス制約が未確認なら、次に渡す前にその状態を明記します。リポジトリ名だけでは条件を記録したことにはなりません。

Matching bytes ≠ matching analysis同じファイルでも同じ分析とは限らない

A hash helps compare file bytes. Repeating an analysis also needs the transformations, exclusions, parameters, software and code versions, plus an expected output. Ask a colleague to replay one small result from the saved record.ハッシュはファイルのバイト列の比較に役立ちます。分析の再現には、変換・除外・パラメータ・ソフトウェアとコードの版・期待する出力も必要です。保存した記録だけで、小さな結果を 1 つ再計算できるか確認します。

Source notes参照した公式資料

NCBI documents distinct download formats and supplementary files for GEO records. NIH describes metadata, variable definitions, and version control as data-management practices. Those points inform the fields here; the gap rules, toy dataset, and handoff template are BSV's own, not an NIH submission form or a repository validation service.NCBI は GEO 記録の各種ダウンロード形式と補足ファイルを説明しています。NIH はデータ管理の実践としてメタデータ、変数の定義、版管理を挙げています。本ツールはそれらを参考に項目を設計しました。確認ルール、練習用データ、引き継ぎテンプレートは BSV 独自のもので、NIH の申請書やリポジトリの検証サービスではありません。